Entwicklung effizienter Algorithmen zur Analyse von krankheitsassoziierten Daten
Dissertation von Julia Vetter
FH OÖ Campus Hagenberg
Credits: privat
Die Dissertation aus dem Bereich der Bioinformatik fokussiert sich auf die Erforschung und Entwicklung effizienter Algorithmen und Frameworks zur Analyse von krankheitsassoziierten genomischen Daten im Feld Immunologie. Dadurch entstanden drei Datenverarbeitungsframeworks, welche unter anderem eine automatisierte Vor- und Verarbeitung von Sequenzierungsdaten mit sogenannten Unique Molecular Identifier (UMI) von Zellen des Immunsystems sowie die Untersuchung von Genexpressionsdaten aus öffentlichen Datenbanken ermöglichen. Jedes Framework wurde implementiert, um unterschiedliche biologische Forschungsfragen zu beantworten und zudem so konzipiert, um die Nutzung durch eine breitere Community zu ermöglichen. Einerseits wurde auf der Grundlage von Next-Generation-Sequencing-Daten (NGS) von Patient*innen mit chronischer myeloischer Leukämie (CML) ein Softwaretool implementiert, um genetische Mutationen zu identifizieren, welche zu Arzneimittelresistenzen führen können und somit einen Rückfall zur Folge haben können. Andererseits wurde eine Software zur Analyse von Immunrepertoiredaten entwickelt. Konkret wurden hier Daten von Nierentransplantpatient*innen automatisiert analysiert und für die nachfolgende Anwendung von maschinellem Lernen vorbereitet. Ziel war es, zu erkennen, ob es zu einer Abstoßungsreaktion kommt oder nicht. Auch die dritte Pipeline im Rahmen eines Projekts zur Identifikation von innovativen Therapien im Kampf gegen akute myeloische Leukämie zeigte eine hohe Reproduzierbarkeit der Laborexperimente unter Verwendung und Analyse von öffentlich zugänglichen Datensätzen.
Word-Rap mit Julia Vetter
Spannend ist an meiner Dissertation...
dass durch das Anwenden der entwickelten Algorithmen, das Vergleichen, Analysieren und Interpretieren der Ergebnisse ein konkreter Beitrag zur Wissenschaft geleistet werden konnte.
Ein überraschender (und natürlich sehr positiver) Fakt, der mir bei der Recherche untergekommen ist...
dass unsere Analysen von Datensätzen von Online-Datenbanken in den meisten Fällen die Ergebnisse der Laborexperimente von unseren Kooperationspartnern bestätigen konnten und wir somit auch Hinweise auf mögliche interessante Gene mitentdecken konnten.
Besonders stolz bin ich bei meiner Arbeit...
auf die entwickelten Frameworks und das Wissen, das ich mir dadurch aneignen konnte, um nun mein erstes eigenes Projekt zu leiten.
An meinem Forschungsgebiet mag ich...
die abwechslungsreichen Themen. Als Bioinformatikerin ist man oft in verschiedene Projekte involviert. Jedes Projekt bringt neue Einblicke in unterschiedliche Erkrankungen und verschiedene inter- und intrazelluläre Prozesse, sowie die Herausforderung passende Algorithmen zu entwickeln bzw. anzuwenden, um bestimmte Fragestellungen zu beantworten.
Dr. rer. nat. Julia Vetter BSc BSc MSc
- Assistenzprofessorin am Department Medizin- und Bioinformatik
- Wissenschaftliche Mitarbeiterin der Forschungsgruppe Bioinformatik
- Nebenberuflich Lehrende am IMC Hochschule für Angewandte Wissenschaften Krems
- Bachelorstudium Biologie an der Universität Innsbruck
- Bachelorstudium Biomedizinische Analytik an der fh gesundheit in Innsbruck
- Masterstudium Biomedizinische Informatik an der FH OÖ Campus Hagenberg
- Doktoratsstudium Natur- und Lebenswissenschaften an der Universität Salzburg
„Computational Identification of Crucial Factors for the Development, Treatment, and Progress of Immunological Disorders”, Betreuer: Markus Wiederstein (Universität Salzburg), Stephan Winkler (FH OÖ)
Forschungsprofil: Julia Vetter — FH Oberösterreich (fh-ooe.at)
Credits: privat
