Bachelor, Vollzeit
- Campus Hagenberg
- E-Mail mbi@fh-hagenberg.at
- Telefon +43 5 0804 22700
- Infoblatt downloaden Anfrage stellen
Studienprojekte Archiv
Interaktive Visualisierung von assoziierten, pleiotropen Genen
Pleiotrope Gene sind Gene, die gleichzeitig verschiedene (phänotypische) Merkmale beeinflussen. Die Basis des Projektes ist eine NEO4J-Datenbank, welche im Rahmen der Publikation „Network expansion of genetic associations defines a pleiotropy map of human cell biology“ im Februar 2023 im Magazin Nature veröffentlicht wurde. Diese Daten werden in einer interaktiven Darstellung als React-Komponente in das bestehende Tool der Auftraggeber integriert. Pharmazeutische Unternehmen können dieses Tool verwenden, um Kandidaten für die Wiederverwendung von Medikamenten zu identifizieren.
Zeitraum: Mar 2023 - Jan 2024
Themenfelder: Bioinformatik, Pharmakologie, Datenvisualisierung
FH-Betreuer: V. Dorfer, M. Birklbauer
Projektpartner: Datavisyn GmbH (Linz)
SNPSynonymDB
Ziel des Projekts ist die Erstellung einer Synonym-Datenbank für Single Nucleotide Polymorphismen (SNP). Die Studierenden entwickeln Methoden, um Daten effizient aus verschiedenen bestehenden Datenbanken, wie beispielsweise dbSNP, PharmGKB oder ClinVar Daten zu extrahieren. Dabei sollen alle möglichen IDs, mit welcher ein SNP identifiziert werden kann gesammelt und in eine Datenbank gespeichert werden. Diese Datenbasis soll in regelmäßigen Abständen aktualisiert werden. Auf Basis dieser Synonym-Datenbank werden später wissenschaftliche Publikationen geparst und bei Vorhandensein eines Synonyms für ein SNP wird auf dieses verwiesen. In Zukunft kann dies für die Verknüpfung von SNPs mit verschiedenen phänotypischen Ausprägungen dienen, welche auf www.genopedia.com eingebunden werden sollen.
Zeitraum: Mar 2023 - Jan 2024
Themenfelder: Bioinformatik, SNPs, Genome Browser
FH-Betreuer: J. Vetter, J. Schurr
Projektpartner: Novogenia (Eugendorf)
Kontakt
E-Mail mbi@fh-hagenberg.at
Telefon +43 5 0804 22700