Zusammenarbeit Hagenberg - Gent
Durch das Zusammenfügen von MS²Rescore 3.0 und MS Amanda haben Forschende aus Hagenberg und Gent ein Tool entwickelt, das dabei hilft, auch in einzelnen Zellen deutlich mehr Eiweiß-Bausteine zuverlässig zu erkennen.
In einer neuen Publikation wurde das Ergebnis einer Zusammenarbeit zwischen der Bioinformatik-Forschungsgruppe in Hagenberg und der CompOmics-Gruppe an der Universität Gent in Belgien präsentiert. Die Forschenden stellen dabei neue und verbesserte Versionen von MS2Rescore und MS Amanda vor. Sie demonstrierten, wie das neue modulare Design die Integration neuer Module für die Merkmalsgenerierung und das Rescoring erleichtert und wie die neu hinzugefügten HTML-QC-Berichte einen Einblick in die Leistung der verwendeten Vorhersagemodelle bieten. Außerdem zeigen sie, wie MS Amanda 3.0 in Verbindung mit MS2Rescore 3.0 die Anzahl der identifizierten Spektren für einen Einzelzell-Proteomics-Datensatz erhöht.
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